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东晋在秦制帝国的历史上，无疑是皇权十分低落的时期。东晋王朝的大部分时间里，是士族门阀掌握军政大权。但是为什么皇权低落了这么久，最终还可以复兴呢？这是因为东晋虽然皇帝无权，但秦制帝国的那一套架子还在，一有合适的机会，皇权就会借助这个架子卷土重来。
秦汉帝国的皇权依赖四大支柱：法家的残酷吏治，谶纬的感应神学，地方的严密控制，社会的普遍贫穷。但这四大支柱在魏晋时代全部崩塌了。
其中第一条因为汉朝采取儒学为意识形态，虽然做法上仍然是法家的一套，但儒家凭借政治正确的话语权，逐渐降低了吏治的残酷性，对社会的管束也就松动了。
第二条是儒家带来的，认为上天会降下祥瑞和灾异来奖惩皇帝，来消解社会对皇权的反抗性，但因为经常不能兑现，尤其是有的皇帝越胡作非为活得还越好，社会对这一套不再相信，转而追求事物在哲学上的联系，产生了玄半岛体育学，原来寄希望于上天来匡正皇帝，现在不抱希望了，自然皇权就成为社会的敌人，更加难以忽悠到人了。
第三条则因低落为经济发展，地方大族强大，当帝国中央出现变故时，外籍的地方官可以跟地方大族抱团，形成以当地为基本盘的实力体，朝廷的政令就不那么好使了。
第四条则是地方上有了强大的家族，人民就可以在帝国和大家族里面选边，帝国不再对民间有全方位的垄断权力，因为帝国的苛政，大家族日益强大，帝国无法再轻易的管束原子化的个人，只能用相对柔软的办法约束不那么好管的大家族，对社会的控制力就减小了。
因为这几点的综合作用，就导致帝国不再是唯一的秩序来源，对全社会肆意宰割的能力下降，帝国的税收减少，兵员减少，社会服从度降低，皇室的统治不稳。
但是占尽天下好处的皇权怎么会甘心退出呢？于是，无论是三国魏蜀吴的君主，还是建立西晋的晋武帝司马炎，对此都忧心忡忡，想了很多办法来加强皇权。他们经过了一些尝试，最终到司马炎手上，他想的办法就是以司马家族的宗王控制天下各地的军政大权，加强对社会的统治，维持司马氏皇室的统治。
但是因为司马炎的私心，不传位于智力正常的弟弟司马攸，传位给生理弱智的儿子晋惠帝司马衷，等司马衷即位后，帝国中枢一片混乱，引起地方觊觎，地方宗王凭借皇室血统和手中的实力，频频争夺帝国中枢大权，爆发疯狗式的自相残杀“八王之乱”，这实质上是皇权劣化带来的自杀式内斗，跟世家大族没有关系。
而本来就尖锐的各种社会矛盾也因“八王之乱”总爆发，无家可归的流民、迁入中原的异族纷纷起事，司马氏的统治解体，最终，匈奴人刘聪、羯人石勒几乎全歼了司马氏的皇室力量，干掉上百个司马氏王公，只剩几个漏网之鱼逃到了江南。
这几个漏网之鱼就是所谓“五马渡江”中，包括晋元帝司马睿在内的五个司马氏王爷。当时天下大部分地方陷入战乱，他们逃到江南，没有能够调动的力量，处于无拳无勇的状态，江南士族根本不鸟他们。
这个时候，流亡江南的北方士族也就是后来的侨姓士族，跟司马氏皇室结盟，他们对江南士族和豪族先利用拉拢，建立政权以后又打击抛弃，由侨姓士族独掌军政大权。晋元帝司马睿试图重振皇权，结果引起社会的反抗，军权在握的大士族王敦轻易的击败了晋元帝的军队，并将晋元帝羞辱至死。
从此东晋皇权不振，军政大权掌握在王庾桓谢等门阀士族手中。但是谢安去世以后，资质平庸的晋孝武帝却从门阀大族手中夺回了皇权，为什么会这样？
这是因为东晋皇权死而不僵，秦制的架子还在，各家门阀士族只不过是凭皇权的暂时低落而得以掌权，他们之间还要维持脆弱的政治平衡，一旦有大的变故，政治平衡被打破，皇权就有机会从缝隙里面复兴。
东晋的门阀士族和欧洲的贵族不一样，对于皇权虽有一定的独立性，但独立性不是很强。
门阀士族虽然也有庄园和佃户，但并不像欧洲的贵族一样有光明正大的封地、城堡和兵员，这些武力豪族有，但无法参加中央政权。门阀士族通过名望来获得有实权的官职，依靠官位掌握军政资源，不像欧洲贵族那样以军事实力为后盾参与中央政权，虽然在九品中正制下门阀士族能够比较容易的当上高官显职，但门阀之间也存在一定竞争，不是百分百能够当上的，所以他们缺乏合法的、确定的、持久的军政实力，对于皇权的底气也就不强。
正因为门阀士族是通过郡县制度而不是封建制度来获得地方上的军政资源，对军政资源的把持不够名正言顺，所以他们就比较脆弱，除了抗拒皇帝之外还要面对其他门阀的竞争。所以他们虽然能够凭借形势和实力凌驾于皇权之上，但没有足够的底气却打破秦制，比如说给社会传达“皇帝是一坨屎，就不该有皇帝”的理念，比如说把江陵封给琅琊王氏，把豫章封给颍川庾氏，成为他们的封地。
必须要达到这种程度，才能说是摆脱了秦制，达不到这样的程度，只能说是在秦制的框架松动的时候，在里面搭了个棚子，等到框架恢复稳定，这个棚子自然也就无法存在了。这也就是为什么田余庆先生说门阀政治只是皇权政治的“变态”，而并不是贵族政治。
因为士族并不能把皇帝制度污名化，所以皇帝反而成了士族之间争斗时的一个重要的助力，虽然东晋大部分皇帝没有实权，但作为吉祥物也不可小看，而且因为一再被当成权斗的砝码，皇帝这个概念的权威性并没有太下降。
另外，在东晋建立之初，长江下游宽阔，北方五胡军队难以渡江，但荆州江面较狭窄容易渡江，并且巴蜀的成汉等实力也可以顺流东下，所以东晋朝廷把重兵配备在荆州，这样坐镇荆州的士族门阀就足以压制扬州的朝廷（包含皇帝与其他士族半岛体育）。但是到了东晋后期，为了抵挡前秦入侵，东晋朝廷组建了北府军，由朝廷中枢控制，虽然一开始北府军是在士族门阀陈郡谢氏手上，但很快士族间的内斗就导致谢氏退出，皇室更通过收买军头刘牢之的方式控制了北府军。
不过，司马氏皇室失权已久，被养成了笼子里的金丝雀，虽然重掌权力，却难以控制局势。最终，经过一系列内乱，军政经验丰富的军头刘裕谋朝篡位，建立南朝宋，实现了皇权复兴。
进入南朝之后，士族虽然仍是政坛上不可或缺的一股力量，但已经不再具有政治的主导权，更多的是被南朝皇帝当成点缀朝廷的吉祥物，假借皇权的门阀政治至此也就终结了。
上面说的，主要是士族本身的原因，另一个原因则是制度自身的变化。制度一经诞生就具有了自己的生命和性格，不一定是人力所能扭转的，自从秦制建立以来，即便皇权衰落，制度本身也会自然而然的走向更加专制，这也可以叫做秦制对中国历史的“路径限定”。
秦制帝国那些官僚制度的原则，虽然已经被士族排斥，但是在各种文件中一再出现，而且有少部分士族如卞壸、何充等对此还很赞同，甚至像王坦之这样被视为玄学家的人也有少量崇尚法家刑名，也就是说秦制帝国的传统并未断绝，只是暂时退居一旁，一有机会就可以复兴，这也就是阎步克先生说的“空话不空”。
在官制演变上，阎步克先生的著作里面介绍的很详细，其中《波峰与波谷》一书相对通俗，大司马强力推荐。这方面阎先生基本上已经做得题无剩意，大司马在此稍作转述。
中枢官职方面，汉代的秘书机构尚书台在曹魏时代已经凌驾于三公之上，尚书令成为宰相，但曹操设置的秘书中书监，和曹丕设置的顾问黄散（黄门侍郎、散骑常侍）在东晋逐渐发展起来，最终成为隋唐三省六部里面中书省和门下省。三省的并重固然与更多士族希望参与政权，获得官位有关，但三省制度实际上削弱了相权，只不过因为三省长官多由士族出任，仍能对皇权形成一定制衡，一旦士族没落，则三省对皇权制衡无力，皇权就会大大的加强。
律令方面，秦汉律虽然律条繁多，但是法律思想上还比较粗糙，两晋以来，把刑律和行政命令区分开来，分别称为“律”和“令”，礼制也被从刑法中单独拎出来，国家对社会的认知更清晰，控制力其实在加强，只是此时更完善律令还无法强加到士族头上，但是一旦有机会加到士族头上，则能对士族进行比秦汉更有效的管制，编户齐民最后一点躲避秦制的空间也将丧失殆尽。
选官制度方面，九品中正制确实是士族的进身之本，士族也可以通过九品中正制的品评舞弊来把持官位，从所谓的“清途”官职起家，但“清途”官职几乎清一色的是中央官职，这样实际上把两汉以来中央征辟、地方察举的两种选官办法都集中到了中央手上，虽然士族可以在中央分享权势，但是一旦皇权复兴，地方对皇权的抵抗就无法恢复东汉的旧观了。
所以，一方面皇权的那套话语仍在，一方面皇权虽然旁落，但因为制度按照本身的逻辑演变，各方面对朝廷的制约因素反而在下降，所以皇权复兴只却一个偶然性的机会，而充满了内斗门阀政治，是一定会给皇权提供这种机会的。